De glassnijder komt veel voor in laagveenmoerassen. Maar ook in vegetatierijke plassen, poelen, vennen en sloten. Het water liever niet breder dan 10 meter.
De glassnijder leeft als nimf (onvolwassen libel) onderwater en leeft van dierlijke prooien. Hierbij is de glassnijder dan ook afhankelijk van schoon water met een natuurlijke bodem oever. Als de soort imago (volwassen) wordt klimt hij via een rietstengel het water uit om daar vervolgens uit zijn nimfenhuidje te ‘scheuren’. Voor dit proces is voldoende natuurlijke vegetatie aan de oever nodig zoals riet, egelskop, lisdodde, biezen en moerasvaren. In het water zitten bij voorkeur fonteinkruiden en blaasjeskruid.
